Thống nhất nhà Tây Sơn
Sau cái chết của Nguyễn Văn Duệ và sau đó là Vũ Văn Nhậm và diễn biến chiến trường Nam Bộ, vua Thái Đức (Nguyễn Nhạc) đã tỏ ra buông xuôi. Không thể kìm chế người em tài ba hơn mình, cuối năm 1788, ông từ bỏ đế hiệu và niên hiệu Thái Đức, chỉ xưng là "Tây Sơn vương". Ông viết thư cho Nguyễn Huệ, chỉ xin giữ Quy Nhơn và nhường toàn bộ binh quyền, đất đai trong cả nước cho vua em; đồng thời ông cầu khẩn Nguyễn Huệ mang gấp đại binh vào cứu Nam bộ (chiếu lên ngôi của Quang Trung nói rõ vấn đề này).
Tuy nhiên lúc đó Nguyễn Huệ dù biết lời cầu khẩn của anh nhưng không thể vào nam tham chiến vì 20 vạn quân Thanh do Lê Chiêu Thống rước về đã vượt qua biên giới. Nguy cơ phía bắc rõ ràng lớn và gấp hơn nên Nguyễn Huệ đã lên ngôi Hoàng đế, lấy hiệu là Quang Trung rồi kéo quân ra bắc và đã nhanh chóng đánh bại quân Thanh.
Sau khi đánh bại quân Thanh, Quang Trung trở thành nhà lãnh đạo tối cao của triều Tây Sơn và là vị Hoàng đế duy nhất cai trị tại Việt Nam (Nguyễn Nhạc đã bỏ đế hiệu, Lê Chiêu Thống đã chạy sang Trung Quốc, còn Nguyễn Ánh khi đó địa bàn còn nhỏ hẹp và chưa xưng đế). Tình hình với Quang Trung rất thuận lợi: ông có được uy tín lớn sau chiến công chống quân Thanh, được nhà Thanh công nhận là vị vua chính thống của Việt Nam (thay thế địa vị của nhà Hậu Lê), lại dẹp bỏ được mâu thuẫn trong nội bộ nhà Tây Sơn và nắm quyền lãnh đạo thống nhất (vua anh Nguyễn Nhạc đã bỏ đế hiệu, tự giáng xuống làm vương để tỏ ý quy phục sự lãnh đạo của ông).
Trên cơ sở đó, Quang Trung đã lập ra các chiến lược rất lớn nhằm triệt để đánh bại các thế lực đối địch còn lại để thống nhất đất nước. Sự nghiệp thống nhất đất nước, sáng lập một triều đại mới đã đến rất gần.
Đối nội, đối ngoại
Ngay sau chiến thắng Kỷ Dậu, Quang Trung vội trở lại Phú Xuân để đề phòng Nguyễn Ánh, trao lại binh quyền cho Ngô Văn Sở và Ngô Thì Nhậm.
Một mặt lo chống thù trong giặc ngoài, mặt khác vua Quang Trung rất quan tâm tới việc xây dựng đất nước. Vua khuyến khích người hiền tài ra giúp nước, phân phối đất đai cho những người nông dân nghèo, thúc đẩy thủ công nghiệp từng bị cấm trước kia, cho phép tự do tôn giáo, mở cửa Việt Nam với ngoại thương quốc tế và bỏ chữ Hán như là chữ viết chính thức. Chọn chữ viết chính thức của các khu vực Nguyễn Huệ cai trị là chữ Nôm.
Sau chiến thắng quân Thanh, Quang Trung quyết định dựng nghiệp lớn, việc đầu tiên là thành lập một kinh đô. Ông chọn đất Nghệ An để lập Trung Đô, tức Phượng Hoàng Trung Đô. Hoàng Xuân Hãn viết: “Có thể tin chắc rằng Phượng Hoàng trung đô ở khoảng giữa núi Mèo (núi Kỳ Lân) và núi Quyết. Địa thế thành rất dễ giữ. Phía trước có sông Cồn Mộc và sông Lam, phía bên có núi Quyết, đều là hào và thành thiên nhiên. Ở giữa thành, còn dấu thành trong, và nền nhà. Nhất là có nền cao ba bậc ở phần bắc, mà ngày sau, đời Nguyễn dùng làm nền xã tắc. Chắc đó là chỗ Quang Trung ngự triều trong khi tạm nghỉ ở Nghệ An."
Về ngoại giao, ngay từ trước khi giao chiến với quân Thanh, Quang Trung đã tính đến chiến lược ngoại giao với nhà Thanh. Theo phương lược vạch sẵn, với tài ngoại giao khéo léo của Ngô Thì Nhậm, Tây Sơn nhanh chóng bình thường hóa bang giao với nhà Thanh. Vua Thanh Càn Long đã cho sứ giả vào tận Phú Xuân để phong vương cho Nguyễn Huệ; rồi hoàng đế Quang Trung giả đã sang triều kiến và dự lễ mừng thọ 80 tuổi của vua Càn Long nhà Thanh.
Việc nhà Thanh công nhận nhà Tây Sơn khiến Lê Duy Kỳ (Chiêu Thống) phải uất hận chết ở Trung Quốc cuối năm 1792.
Dẹp Lê Duy Chi, tấn công Vạn Tượng
Quân Thanh, lực lượng cứu trợ cho nhà Lê bị đánh tan nhưng các lực lượng thân nhà Lê vẫn tiếp tục hoạt động ở phía bắc khiến vua Quang Trung tiếp tục phải đánh dẹp. Em Lê Duy Kỳ là Lê Duy Chi được sự hợp tác của các tù trưởng Hoàng Văn Đồng, Nông Phúc Tấn đẩy mạnh hoạt động ở Cao Bằng, Tuyên Quang. Duy Chi tìm cách liên kết với các tù trưởng người Vạn Tượng (vương quốc Viêng Chăn thời vua (Chao) Nanthasen (tức Chiêu Nan) và vua (Chao) Intharavong Setthathirath III (tức Chiêu Ấn)) để chống Tây Sơn. Nước Xiêm La khi đó cũng muốn trả thù Tây Sơn sau Trận Rạch Gầm - Xoài Mút nên tìm cách khống chế nước Vạn Tượng và tràn sang tác động tới các tù trưởng người Việt ở Trấn Ninh, Quy Hợp xứ Nghệ An và liên lạc với cựu thần nhà Lê là Trần Phương Bính. Mặt khác, Xiêm La cũng liên lạc với Nguyễn Ánh ở Gia Định để cùng Duy Chi tổ chức tấn công Tây Sơn. Theo kế hoạch này, quân Duy Chi sẽ đánh xuống từ Cao Bằng, Nguyễn Ánh đánh lên từ Gia Định, còn quân Vạn Tượng và Xiêm sẽ đánh vào Thanh Hóa, Nghệ An.
Đứng trước nguy cơ bị tấn công từ ba mặt, sau khi thực hiện thành công việc bang giao với nhà Thanh, đầu năm 1791, Quang Trung tập trung đối phó với Lê Duy Chi và quân Vạn Tượng – Xiêm. Ông sai sứ sang Trấn Ninh, Quy Hợp để thăm dò tình hình nhưng bị vua Vạn Tượng bắt giữ và nộp cho Xiêm La. Xiêm La sai sứ mang cờ và trống của Tây Sơn vào Gia Định cho Nguyễn Ánh để khuyến khích Ánh ra quân.
Quang Trung quyết định ra quân. Ông sai hoàng tử Nguyễn Quang Thùy đang trấn thủ Thăng Long cùng các tướng Bắc Hà mang quân đánh Lê Duy Chi; sai Trần Quang Diệu và Lê Trung mang quân đánh Trấn Ninh, Quy Hợp. Quang Thùy đánh lên Cao Bằng nhanh chóng đánh bại và bắt được cả Lê Duy Chi, Hoàng Văn Đồng và Nông Phúc Tấn mang về Thăng Long xử tử.
Ở phía tây, Trần Quang Diệu cũng nhanh chóng diệt được Trần Phương Bính ở ven núi Hồng Lĩnh. Tới tháng 6 năm 1791, Quang Diệu mang 3 vạn quân sang Trấn Ninh bắt được các tù trưởng thiệu Kiểu, thiệu Đế. Tháng 8 năm đó, Quang Diệu đánh bại Quy Hợp. Tháng 10, quân Tây Sơn tiến sang Vạn Tượng. Vua Vạn Tượng là Chao Nan (Chao Nanthasen) không chống nổi phải bỏ trốn sang Xiêm. Quang Diệu tiến vào Viên-chăn đến tận biên giới Xiêm, các tướng Vạn Tượng là tả phan Dung, hữu phan Siêu tử trận. Tháng 10/1791, Tây Sơn chiếm xong Vạn Tượng.
Nguyễn Ánh ở Gia Định không dám ra quân. Chân Lạp là đồng minh của Tây Sơn cũng chuẩn bị lực lượng để phối hợp nếu quân Tây Sơn vượt biên giới Vạn Tượng tiến vào Xiêm hoặc Gia Định khiến các giáo sĩ ở Gia Định lo sợ, chuẩn bị tìm đường chạy. Nhưng Trần Quang Diệu đi đánh xa lâu ngày, được lệnh rút về.
Đầu năm 1792, quân Tây Sơn trở về Đại Việt. Không lâu sau, lực lượng phù Lê của Trần Quang Châu ở Kinh Bắc cũng bị tiêu diệt.
Giữa năm 1792, Quang Trung đã gửi thư đến Càn Long cầu hôn một nàng công chúa Thanh triều và "xin" hai tỉnh Quảng Đông và Quảng Tây. Ông cũng sai đô đốc Vũ Văn Dũng làm chánh sứ sang triều kiến vua Càn Long. Tuy nhiên, dự định không thực hiện được vì cái chết đột ngột và bí ẩn của ông. (Xem bài viết về Nguyễn Huệ)
Dự định chinh phục Gia Định, thống nhất đất nước
Việc Quang Trung chiếm Vạn Tượng chỉ trong mấy tháng đã làm rung động cả ba thế lực là Xiêm - Cao Miên và Nguyễn Ánh. Tháng 4/1792, vua Xiêm viết thư đề nghị Nnguyễn Ánh chung sức chống Tây Sơn, nhưng nhân tiện lại đòi Nguyễn Ánh cắt đất Long Xuyên, Kiên Giang và Ba Xắc để làm điều kiện. Nguyễn Ánh trả lời là không nhường đất, nhưng chấp nhận đề nghị của vua Xiêm là hợp lực đánh Tây Sơn. Thư trả lời của Nguyễn Ánh có viết: "Vương (vua Xiêm) thì đem trọng binh đánh Nghệ An. Giặc giữ Nghệ An thì vương đánh ngả trước, quả nhân (chỉ Nguyễn Ánh) đánh ngả sau; nếu giặc giữ Phú Xuân thì vương quấy rối ở ngả sau, quả nhân đánh ngả trước, đầu đuôi giáp đánh thì giặc không còn đi đâu được nữa"
Sau khi Nguyễn Ánh tấn công chớp nhoáng tiêu diệt thuỷ quân của Nguyễn Nhạc ở Thị Nại tháng 7-8/1792, Quang Trung quyết định thực hiện một chiến dịch lớn nhằm tiêu diệt tận gốc thế lực của Nguyễn Ánh. Ông truyền hịch cho dân hai miền Quảng Ngãi và Quy Nhơn, trước khi hành quân để đánh vào Gia Định.
kế hoạch của vua Quang Trung là: điều động 20 - 30 mươi vạn quân thuỷ bộ; bộ binh theo đường núi qua Lào đánh xuống Cao Miên, chiếm mặt sau Sài Gòn; thuỷ binh vào cửa bể Hà Tiên đánh lên Long Xuyên, Kiên Giang, chiếm mặt trước Sài Gòn. Kẹp quân Nguyễn Ánh vào giữa để bao vây tiêu diệt, không để cho đối phương có đường trốn thoát.
Trong lúc tình hình hết sức khẩn cấp, Bá Đa Lộc và những sĩ quan Pháp trong quân Nguyễn Ánh liệu thế không chống đỡ nổi Quang Trung, tính chuyện bỏ trốn. Trong thư gửi cho M. Létondal ngày 14/9/1791, giám mục Bá Đa Lộc viết: “… Nhà vua đã không biết lợi dụng cơ hội mà ông ta có được để đánh bại kẻ thù, mà lại để chúng có thì giờ hoàn hồn và chúng thấy rõ tất cả những đồn đại về việc người Âu đến giúp chỉ là chuyện hão. Ông ta (Nguyễn Ánh) bắt dân đóng thuế và làm dịch vụ nặng nề, và lúc này, dân chúng bị nạn đói đe dọa nên họ có vẻ mong quân Tây Sơn đến. Trong tình trạng hiện thời, nếu chúng quả quyết đến tấn công, thì nhà vua khó có thể đương đầu lại đầu được... Tôi rất sợ không đi kịp trước khi tai họa xẩy ra cho nhà vua, nếu có sự ấy."
Kế hoạch đang chuẩn bị thì ngày 16/9/1792, vua Quang Trung băng hà.